深圳即將為深圳側的羅湖口岸實施改造工作，保安局局長鄧炳強書面答覆議員提問時表示，羅湖口岸的整體設施布局及旅客通關走線不會因而改變，即港深雙方在深圳河邊界兩旁各自的範圍設置口岸旅檢大樓，並由行人橋相連。在深方口岸改造後，會繼續沿用目前的清關模式，而不會使用「合作查驗、一次放行」，深圳方面並無計劃將港鐵東鐵線引入深圳羅湖區。
鄧炳強指出，從深圳方面了解，深方的羅湖口岸改造工程主要以「消除安全隱患、完善口岸功能、升級查驗設施」為核心，其改造範圍只限於深圳側，並無將東鐵線引入羅湖境內。由於深方的改造工程不會涉及港方羅湖管制站的運作，因此預計工程完成後，港方羅湖管制站辦理出入境檢查手續的時間不受影響。
他又稱，特區政府在規劃重建現有口岸以及未來建設新口岸時，會積極開發創新出入境清關模式，提升旅客過關效率，包括在新的陸路口岸建設項目使用「合作查驗、一次放行」模式。但由於改變現有口岸的查驗模式所牽涉問題較新口岸大為複雜，當中要建基於不影響該口岸現有運作的大前提下進行，所以特區政府及內地有關當局必須要仔細規劃，確保於口岸設計、邊界安排、設施布局、客流規劃等配套上都能夠配合才可考慮。