香港移民台灣人數近年不斷攀升，2021年有1,685名港人獲批定居許可，但同年6月台灣當局卻以「國家安全」為由，逐步收緊審批港澳居民的居留申請。《明報》等本地傳媒引述台灣行政院資料，顯示台灣當局近兩年處理至少逾70宗港人申請居留及定居的行政申訴，全數被行政院駁回。單計今年頭10個月，已拒絕至少42名港人的家居申請，理由包括曾任職公立醫院、美心、香港電訊等，可能有「危害國家利益、公共安全之虞」或曾在內地相關機構工作。
台灣行政院處理港人申請個案的「訴願決定」文件顯示，定居申請被拒絕的港人當中，有人曾於美心及國泰航空飲食（香港）有限公司從事餐飲工作，又曾於醫管局任職文員，台灣移民署解釋，國泰航空飲食屬國泰航空全資子公司，而國泰的主要股東又是大陸企業中國國際航空及香港特區政府；醫管局則為香港非政府部門之公營機構，而美心股東曾公開支持香港警方，「難以排除訴願人曾任職的公司與大陸的關聯」，因為以「有危害國家利益、公共安全、公共秩序或從事恐怖活動之虞」等理由，駁回申請。
另外，有人曾於香港電訊從事互聯網及雲端服務開發及營運，他於訴願書指出，服務香港地區未參與大陸地區業務，公司為上市獨立私人公司，不屬於香港政府。但台灣當局卻表示香港電訊母公司電訊盈科，主要股東為李澤楷及中國聯通，「涉陸成份高」；而中國聯通亦是內地央企。該名申請者被視為曾任職於大陸地區行政、軍事、黨務，或其於港澳投資的機構。亦有部份申請遭拒案例，是申請者曾於中文大學宿舍做文書助理及衞生署護士長等工作。
台灣移民署統計數字顯示，港人自2019年反修例事件後，申請移民台灣人數激增。2018年獲居留及定居許可港人有5,238人，至2019年底增至7,332人，2020年更急升至12,389，連續三年打破歷史記錄，惟獲得定居許可的港人卻維持於2,000人以下。
台灣當局於2020年修訂港澳居民入台辦法，申請人須經移民署會同台灣國安局及陸委會跨部門審查。台灣內政部當年8月於《香港澳門居民進入台灣地區及居留定居許可辦法》增設條文，列明「原為大陸地區人民」的港澳居民，可以不予申請定居許可。
台方在2020年該次修例之前，若要拒絕內地出生之港澳居民的申請，須證明該申請人未在內地以外連續住滿4年；但據現行法例，只需證明「原為大陸地區人民」便可拒絕。至於對「現（曾）任職於大陸地區行政、軍事、黨務或其他公務機構、具政治性機關（構）、團體或其於香港、澳門投資之機構或新聞媒體」的港澳居民，台灣當局都能依例不予定居許可。
陸委會回覆《明報》查詢稱，據了解未能通過審查的港人「比例極低」，主因皆非「國安」單一因素，多是欠缺營運實績、所繳單據不符規定等情况。陸委會重申，當局會逐一檢視個案，如經審查無「國安疑慮」且符合規定，仍會予以許可。台灣移民署表示已按機制核准眾多內地出身之港澳居民、香港公務員赴台，並非一律不予許可。