工信部、國家發改委及自然資源部發布《稀土開採和稀土冶煉分離總量調控管理暫行辦法》指出，稀土生產企業違反辦法規定，或者拒絕、阻礙監督檢查部門依法履行監督檢查職責的，由縣級以上人民政府工業和信息化、自然資源主管部門按照職責分工責令改正，依照法律及行政法規的規定予以處罰。稀土生產企業違反辦法規定，受到行政處罰的，核減下一年度總量控制指標。
辦法又指，稀土生產企業應當建立稀土產品流向記錄制度，如實記錄稀土產品流向信息，並於每月10日前將上月度稀土產品流向信息錄入工信部會同有關部門建立的稀土產品追溯信息系統。
三大主管部門工作人員在稀土開採和稀土冶煉分離總量調控管理工作中濫用職權、玩忽職守及徇私舞弊的，依法給予處分。違反辦法規定，構成違反治安管理行為的，依法給予治安管理處罰；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
